A principal missão do INCT-EMA é a de proporcionar um ambiente multidisciplinar, investigando a solução dos problemas ambientais do mundo real, em harmonia com os setores público e privado da sociedade. Com essa missão, as principais linhas de pesquisa são:

1. Desenvolvimento de métodos analíticos inovadores usando a espectrometria de massa em aplicações ambientais;

2. Desenvolvimento de novas tecnologias para a remediação de sítios contaminados;

3. Biorremediação de Poluentes Industriais;

4. Monitoração do ar;

5. Processos Fotoquímicos;

6. Síntese Orgânica via Química Limpa;

7. Projeto de Bioenergia de Algas;

8. Pesquisa em Educação Ambiental;

9. Química Verde.

Informações complementares sobre essas linhas de pesquisa podem ser obtidas no sítio na internet: http://www.cepema.usp.br/inct/.