O Programa Institutos Nacionais de Ciência, Tecnologia e Inovação - INCTs, se caracteriza por grandes projetos de pesquisa de longo prazo em redes nacionais e ou internacionais de cooperação científica envolvendo pesquisadores e bolsistas das mais diversas áreas, para o desenvolvimento de projetos de alto impacto científico e de formação de recursos humanos. Cada um dos INCT atualmente em execução atuam em um tema de diferentes áreas do conhecimento, seja de Ciências Humanas, Biológicas, Exatas e Agrárias, envolvendo cerca de milhares de pesquisadores e bolsistas em temáticas complexas, estruturados em subprojetos, muitos dos quais descentralizados nos diferentes laboratórios e centros que integram a rede de pesquisa. 

Cada INCT possui como coordenação, uma instituição sede com excelência em produção científica e/ou tecnológica, alta qualificação na formação de recursos humanos e com capacidade de alavancar recursos de outras fontes, e por um conjunto de laboratórios ou grupos associados de outras instituições, articulados na forma de redes científico-tecnológicas, com uma área ou tema de atuação bem definidos, que estejam na fronteira da ciência e/ou da tecnologia ou em áreas estratégicas do Plano de Ação em Ciência, Tecnologia & Informação - CT&I.