O INCT-Mar COI apoia a execução de ações voltadas para o estudo integrado dos oceanos através da:

1. melhoria significativa da infra-estrutura de pesquisa oceanográfica no Brasil;

2. do emprego de novas tecnologias em Oceanografia;

3. do desenvolvimento e inovação tecnológica;

4. da melhoria na formação e capacitação de futuros profissionais, através de cursos profissionalizantes, de graduação, e de pós-graduação oferecidos pelas instituições co-partícipes;

5. da diminuição das diferenças regionais na capacitação e formação de recursos humanos, e

6. de estudos sobre novos recursos vivos na plataforma brasileira. As grandes linhas de pesquisa contemplam:

    1. Papel dos Oceanos nas Mudanças Climáticas;

    2. Valorização dos Recursos Vivos;

    3. Biodiversidade e Geodiversidade;

    4. Transferência de Conhecimento para a Sociedade;

    5. Formação e Capacitação de Pessoal;

    6. Grandes Equipamentos e Infraestrutura;

    7. Formulação de Políticas Públicas.