O INAU liderou uma equipe de cientistas de todo o país que propôs uma definição e o delineamento para as  AUs brasileiras, além de descrever um sistema de classificação baseado nas condições específicas do país. Foi publicada a classificação dos macrohabitats das várzeas amazônicas e do Pantanal e foram preparadas  as mesmas dos igapós amazônicos e das AUs ao longo dos rios Paraná, Araguaia e Guaporé.
Um sistema bioacústico registra os sons de diferentes tipos de animais, permitindo o levantamento automatizado, qualitativo e quantitativo, das populações. O sistema apresenta perspectivas de  patenteamento.

Foi adaptado e estabelecido metodologia de dendrocronologia para a determinação da idade e da produção madeireira das árvores nas AUs do cerrado, possibilitando o desenvolvimento de estratégias para o manejo sustentável.

Mudanças do meio ambiente pelo manejo e/ou por fatores climáticos resultam em invasão dos campos  alagáveis por arbustos com impactos na biodiversidade. O controle desta invasão é de interesse para  savanas alagáveis em geral.

Os estudos sobre a importância do potencial matricial da água do solo nos fluxos de CO2 mostram que a  hipersazonalidade hídrica favorece a evasão do CO2 e produção de metano, especialmente durante a  vazante.

Estudos pré-clínicos encontram-se em estágio avançado, podendo levar a medicamentos fitoterápicos. Há  estudos também para o desenvolvimento de um bioinseticida, de um dentifrício com atividade antimicrobiana  e de um acaricida.

Serviços ecossistêmicos vêm sendo estudados, com base na premissa de que o dano ambiental prejudica  os grupos sociais vulneráveis. Proposições de políticas públicas foram elaboradas, valorizando a cultura local. O INCT faz parte da rede internacional da avaliação ecossistêmica do milênio. Tem promovido a  formação de estudantes do ensino fundamental, graduação, mestrado e doutorado. Promove ainda formação  de professores, estudantes e comunitários nas políticas das comunidades sustentáveis.