O INCT-Inapas atua como uma rede de conhecimento arqueológico, paleontológico e ambiental do semiárido  e das instituições brasileiras e estrangeiras que realizam pesquisa na região Nordeste do Brasil. As  principais linhas de pesquisa do INCT-Inapas são:

    1. Povoamento humano pré-histórico no semiárido da região Nordeste;

    2. Paleoparasitologia e  paleoepidemiologia dos grupos pré-históricos da região Nordeste;

    3. Análise gráfica integrada dos registros rupestres do semiárido nordestino sob uma perspectiva interdisciplinar;

    4. Reconstrução morfoestratigráfica e paleoambiental dos modelados de deposição quaternária do semiárido;

    5. Paleontologia do quaternário e das bacias sedimentares do semiárido do Nordeste.

A pesquisa trata de  temas relevantes para a ciência brasileira e mundial. São eles: origem do homem americano, mudanças  paleoclimáticas, fluxos migratórios das primeiras populações humanas da região, paleontologia e metrologia  arqueológica patrimonial. Certas pesquisas são extensões de trabalho em curso de instituições associadas  por mais de duas décadas.