O INCT-HVFF tem duas linhas de pesquisa:

(1) Diversidade e taxonomia de plantas e fungos, na qual se busca conhecimentos sobre a sistemática das espécies e dos ambientes onde ocorrem ou ocorreram no passado recente;

(2) disponibilização e uso de dados de espécimes depositadas em coleções de herbário, possibilitando o desenvolvimento de diferentes ferramentas para integração e análises de dados, geração de conhecimentos e
de modelos a serem testados, bem como a formulação de políticas públicas sobre diversidade vegetal e micológica. As linhas de pesquisa envolvem pesquisadores, técnicos e estudantes de diferentes especialidades.

A identificação ou determinação de um espécime de planta ou fungo e a divulgação desse nome e dos dados associados, de forma livre e aberta, é parte fundamental da estratégia de transferência do conhecimento
taxonômico para a sociedade. É este conhecimento associado ao nome científico que torna possível integrar, de forma dinâmica, dados, informações e conhecimento dos diferentes herbários e produzir informações que possam subsidiar a análise de especialistas de diversos setores como: meio ambiente,saúde, agricultura e indústria.

A organização dos dados sobre espécimes e espécies aumenta a probabilidade de apropriação da informação sobre biodiversidade por atores locais e, ao mesmo tempo, amplia o conhecimento global sobre biodiversidade.