1. Desenvolvimento de estratégias científicas para gerenciamento integrado de pesquisas interdisciplinares;

2. Desenvolvimento de métodos padronizados para inventários e monitoramentos da biodiversidade, de curtos e longos prazos;

3. Avaliação de estoques de carbono e recursos hidrológicos e dos fatores que os  afetam em sítios ecológicos de longa duração na Bacia Amazônica;

4. Organização de estudos de biodiversidade e dos fatores que a afetam, em escala de bacia;

5. Reestruturação e modernização das coleções biológicas da Amazônia;

6. Desenvolvimento de genética aplicada à biodiversidade;

7. Desenvolvimento de bioprospecção para fitocosméticos, fitoinseticidas e fitofarmacêuticos.